随着基因科学和纳米科学等前沿学科的快速发展和融合，核酸扩增检测（NAATs）技术不断进步，已发展成为多样化的检测方法。这些检测方法在全球应对新冠疫情发挥了至关重要的作用，并已成为诊断新冠病毒感染的参考标准。面对众多检测方法，临床医生和微生物实验室必须仔细评估何时选择哪种方法或哪种方法的组合。决定因素包括流行病学、实验室资源、工作流程和检测成本。下表比较了不同呼吸道病原体核酸检测技术的性能特点。
| 技术方法 | 性能特点 | 应用 | 商用试剂 |
| 实时荧光 PCR | 病原体：单一 通量： 批量检测，高 检测限：100-1000 拷贝/毫升 TAT: ≈1.5-3h | 门诊/急诊筛查、大规模人群筛查 | 可用 |
| 多重 PCR | 病原体： 几种到几十种 吞吐量： 批量检测，中等 检测限： 1000 个拷贝/毫升 TAT: ≈1.5-3h | 流行病学调查、医院获得性重症肺炎、社区获得性肺炎、混合感染 | 可用 |
| 等温扩增 | 病原体：1 至数种 吞吐量： 可变 检测限：100-1000 拷贝/毫升 TAT: ≈0.5-1.5h | 发烧门诊、急诊科、护理点检测 | 可用 |
| 数字 PCR | 病原体：1 至数十种 处理量：4-7 个样本 检测限： 1 拷贝/毫升 TAT: ≈3-4h | 定量检测、治疗评估、环境测试、参考/标准校准 | 可用 |
| 床旁核酸检测 | 病原体：1 至数种 吞吐量： 可变 检测限：100-1000 拷贝/毫升 TAT: ≈0.5-1.5h | 发烧门诊、急诊科、床旁检测 | 可用 |
| 病原体元基因组学高通量测序 | 病原体 未知，无限制 通量：10-16/芯片 检测限：≈1000 拷贝/毫升 TAT: ≈18-24h | 传统病原体检测无法诊断的复杂重症病例 | 不可用 |
| 多重病原体靶向测序 | 病原体 数十至数百种已知病原体及其毒力/抗性基因 吞吐量： 可变 检测限： 25-500 拷贝/毫升 TAT: ≈18-24h | 门诊/急诊、发热门诊、普通病房、重症监护室、反复呼吸道感染调查 | 不可用 |
如今，病原体检测技术层出不穷，如何选择合适的检测方法，更好地解决临床问题，已成为实现传染病精准诊断和治疗的关键课题。专家指出 “不同的病原体诊断方法有各自的适用场景和前提条件。应根据患者人群、疾病特征、疑似病原体类型和当地实验室能力选择合适的检测方法。”
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